海沧计划" (国家" 901工程" )的大背景下，厦门大学于1991年建立化学工程系(2003年更名为化学工程与生物工程系，简称化工系)。
化学工程与生物工程系现设有化学工程研究所、生物化工研究所和工业催化研究所。我系建有或与化学学科共享有醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室，福建省精细化工产业技术开发基地，福建省高校化石能源化学与化工重点实验室，厦门市合成生物技术重点实验室等科研机构，并建有化工技术基础实验室、化学工程与工艺专业实验室、生物工程专业实验室等教学实验室。2013年获批成立" 福建省化学工程与技术实验教学示范中心" 。2013年化学工程与工艺专业(本科)入选教育部卓越工程师教育培养计划。
化学工程与生物工程系拥有一支专业基础扎实、学术水平高、年轻化的师资队伍，现有41名教职工(14名教授、18名副教授、9名助理教授)和10位工程实验技术人员，具有工学博士学位的教师占92%，其中有10位博士生导师，国家***计划人才1名，入选教育部新世纪优秀人才支持计划2名，闽江学者特聘教授2名，福建省首批***创业创新人才 2名 。截至2013年化工系拥有全国优秀教师1人，福建省优秀教师1人，福建省教学名师2人，厦门市优秀教师2人。这些教学和科研骨干治学严谨、学术思想活跃、创新意识强。活跃的科研工作使他们能从学科发展的角度结合最新科研成果进行授课，并十分注重培养学生的工程意识，提高学生的工程素质修养。从真正意义上培养了一批批合格的高级工程技术人才，增强了厦门大学直接为社会服务的能力。
化学工程与生物工程系本科设置了" 化学工程与工艺" 、" 生物工程" 专业，本科专业所依托的" 化学工程与技术" 一级学科，拥有一级学科硕士学位点，一级学科博士学位点和一级学科博士后流动站，并于2012年被评为福建省重点一级学科及特色重点学科。2012年在教育部学位与研究生教育发展中心组织的学科评估中，厦门大学" 化学工程与技术" 一级学科在参评的全国高校中排名第16位。
截止至2013年7月，化学工程与生物工程系已培养本科毕业生1548名，硕士研究生384名(其中国际硕士生29人)，博士研究生32名(其中国际博士生1名)。目前，全系在校本科生387名，硕士研究生234名(其中国际硕士生15名)，博士研究生44名(其中国际博士生4名)。近三年，我系教学建设卓有成效，获省优秀博士论文2人，获厦门大学优秀博士论文2人，学生团队先后获国际遗传工程机器设计竞赛亚洲区金奖(2011年、2012年)、国际金奖(2013年)，" 挑战杯" 竞赛科技发明制作A类省特等奖、国家三等奖，" 三井化学杯" 设计全国总决赛一～三等奖，第五届全国大学生节能减排大赛作品《阻燃新型建筑保温材料的制备》荣获二等奖。
化学工程与生物工程系的科学研究是从应用研究和技术开发起步的。不仅承担了多项国家自然科学基金项目，而且与国内一些较大企业建立了合作关系，并在产业化与新技术、新产品研发等方面取得了显著成绩，建立了" 福建立恒涂料有限公司-厦门大学化学化工学院船舶漆技术研发中心" (2009年)、" 厦门大学-金达威食品营养工程技术研究中心" (2010年)、" 厦门大学-蓝恒达精细化工联合实验室" (2011年)、" 厦门大学-湖北尧治河磷工程技术中心" (2013年)、与福建中烟工业公司共建" 烟草加工着湿与干燥技术联合研究实验室" 、" 烟支燃烧与减害技术联合研究实验室" (2011年)等多家企业联合实验室。近三年来，在包括Nature子刊、AIChE J等重要学术刊物上发表论文科研论文～300篇，出版专著3部，SCI/EI收录论文～200篇，授权发明专利50多项; 学科承担了包括973、863、国家重点基金等省部级以上各类科研项目70多项，其中1000万以上合同经费项目4项。
化工系积极开展形式多样的对外交流和合作，包括邀请国内外大学化工学科知名教授前来讲学或作报告，与国内外高校和企业建立合作关系，选送教师、学生到国外一流高校及研究机构进修或合作研究，在学科重要学术机构如中国化工学会、中国微生物学会、福建省化工学会、福建省石油学会、全国化工高教学会、新西兰食品工程协会、英国化工学会、美国化学工程学会、日本传热学会等担任职务，筹办或承办学术会议(如2007年12月与福州大学联合主办了第四届全国高校化工学院院长(系主任)联席会议; 2009年主办第十五届亚洲青年生化工程师研讨会; 2010年协办中国化学会第28届学术年会; 承办2012国际干燥会议等。本学科学者很多科研人员还担任一些与学科相关的重要期刊的主编或编委，如International Journal of Food Engineering, Critical Review of Food Science and Safety, Chemical Engineering Research and Design, Separation and Purification Technology, Drying Technology, Chinese Journal of Chemical Engineering等。
